Zentraler Aufgabenbereich des Rechnungswesens ist die Führung der Finanzbuchhaltung entsprechend den gesetzlichen Vorschriften und den Grundsätzen der ordnungsmäßigen Buchhaltung und Bilanzierung, sowie die Bereitstellung von grundlegenden Informationen für die betriebswirtschaftliche und liquiditätsmäßige Steuerung des Unternehmens. Konkret bedeutet dies die buchhalterische Erfassung sämtlicher Geschäftsfälle, laufende Abstimmung und Steuerkontrolle, effektives Mahnwesen, Überwachung der Bankenstände und schließlich die Erstellung des Jahresabschlusses.

Der Grundauftrag des Controllings besteht darin, das Erreichen der wirtschaftlichen Zielsetzungen des Unternehmens durch die Instrumente der Planung, Steuerung und Kontrolle sicherzustellen. Zu den Kernaufgaben des Controllings zählen die Planung, die Kostenrechnung und das Reporting.

Als strategisches Planungs- und Steuerungsinstrument wurde im Universalmuseum Joanneum eine Balanced Scorecard eingeführt. Im Zuge des Budgetierungsprozesses werden die finanziellen Ziele des jeweils folgenden Geschäftsjahres definiert und darauf aufbauend die einzelnen Abteilungs- und Ausstellungsbudgets im Detail ausgearbeitet.

Die Kostenrechnung, die jedes Monat aktualisiert wird, dient der richtigen Zuordnung der Erlöse und Kosten zu den einzelnen Kostenstellen bzw. -trägern. Ein laufender Soll-Ist-Vergleich verbunden mit entsprechenden Abweichungsanalysen wird monatlich vom Controlling vorgenommen und der Geschäftsführung in Form eines Online-Management-Informations-Systems berichtet.