Die positive Stimmung, die durch den Aufruf Erzherzog Johanns zur Einsendung der im Herzogtum Steiermark gefundenen Altertümer bei der Bevölkerung verbreitet wurde, führte in den kaiserlichen Antikensammlungen zu erheblichem Unmut. Bereits 1812 wurden diesen Bestrebungen durch eine Verordnung der k. k. Hofkanzlei ein Riegel vorgeschoben: Alle archäologischen Funde mussten demzufolge nach Wien eingesendet werden. Dies führte dazu, dass das Joanneum in seinen ersten Jahrzehnten auf jene archäologische Grabungen verzichten musste, zu denen ursprünglich angeregt worden war.

Erst im Jahr 1846 wurde diese Verordnung gelockert und die Einsendepflicht wieder aufgehoben, und so ist es nicht verwunderlich, dass bis zu diesem Zeitpunkt der Bestand an antiken Objekten vor allem durch Schenkungen anwachsen konnte.

Speziell in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts wurden zu Vergleichszwecken Objekte der antiken mediterranen Kulturen angekauft. Parallel dazu bildeten sich die beiden landeskundlichen Forschungsschwerpunkte heraus: Hallstattzeit und römische Kaiserzeit.