2005 erhielt die Alte Galerie eine neue Struktur. Die Bestände wurden thematisch geordnet, ohne die chronologische Orientierung völlig aufzugeben. So sollen Besucherinnen und Besucher dazu angeregt werden, ganze Zeitalter auf zwanglose Weise kennen zu lernen, abwechslungsreiche Bilderkreise zu erschließen und über den Genuss der Kunst und die Freude am Schönen auch die eigene kulturelle Vergangenheit zu erforschen. Gesteigert wird das Erlebnis durch die ursprüngliche barocke Raumfolge.

Die Bestände mittelalterlicher Kunst (13. – 16. Jh.) sind im Südflügel untergebracht. Vorgestellt werden hier zentrale Themenkreise, die durchweg sakral sind wie Marienkult, Heiligenverehrung und die Passion Christi, um ein umfassendes Bild der christlichen Glaubens- und Bilderwelt zu vermitteln.

Der ehemalige Audienzsaal im zentralen Ostflügel bietet eine Einführung in die neuzeitliche Kunst (16. – 18. Jh.), die sowohl profane als auch sakrale Themen umfasst. Der anschließende Rundgang präsentiert wichtige Aspekte der Kunst seit der Renaissance: mythologische Allegorien, Altar- und Kabinettbilder der Gegenreformation in Innerösterreich und Flandern, sowie Genre- und Landschaftsbilder der Niederlande im „Goldenen Zeitalter".

Es folgen hoch- und spätbarocke Gemälde aus Italien und Österreich, wobei die Farbenpracht der "gran maniera" und ihre Ausstrahlung auf den deutschen Sprachraum im Vordergrund stehen.

Den Abschluss markiert die dekorative, erzählfreudige Genremalerei  österreichischer Hauptmeister des Spätbarock wie Johann Georg Platzer und Franz Christoph Janneck. Besonders bemerkenswert ist der goße Werkkomplex von Martin Johann Schmidt, gen. "Kremser Schmidt". Mit ihm endet die lange, fruchtbare Barocktradition Mitteleuropas, erste Anzeichen  des Klassizismus werden spürbar. Die Vielfalt der Tendenzen im späten 18. Jahrhundert belegen Porträts von so gegensätzlichen Zeitgenossen Schmidts wie Johann Georg Edlinger und Angelika Kauffmann.