Mit der Übersiedlung nach Schloss Eggenberg 2005 erhielt die Alte Galerie eine neue Struktur. Die Bestände wurden thematisch geordnet, ohne die chronologische Orientierung völlig aufzugeben. So sollen Besucherinnen und Besucher dazu angeregt werden, ganze Zeitalter auf zwanglose Weise kennen zu lernen, abwechslungsreiche Bilderkreise zu erschließen und über den Genuss der Kunst und die Freude am Schönen auch die eigene kulturelle Vergangenheit zu erforschen. Gesteigert wird das Erlebnis durch die ursprüngliche barocke Raumfolge.

Die Bestände mittelalterlicher Kunst (13.-16. Jh.) sind im Südflügel untergebracht. Vorgestellt werden hier zentrale, sakrale Themenkreise wie Marienkult, Leben und Sterben Christi  sowie populäre Heiligenverehrung , um ein umfassendes Bild der christlichen Glaubens- und Bilderwelt in vorreformatorischer Zeit zu vermitteln.

Der ehemalige Audienzsaal, zentral im Ostflügel gelegen, bietet eine Einführung in die neuzeitliche Kunst (16.-18. Jh.), die sowohl profane als auch sakrale Themen umfasst. Der anschließende Rundgang präsentiert wichtige Aspekte der Kunst seit der Renaissance: Episoden aus der klassischen Mythologie, Allegorien, Altar- und Kabinettbilder der Gegenreformation in Innerösterreich und Flandern, sowie Genre- und Landschaftsbilder der Niederlande im „Goldenen Zeitalter".

Es folgen hoch- und spätbarocke Gemälde aus Italien und Österreich, wobei die Farbenpracht der "gran maniera" und ihre Ausstrahlung auf den deutschen Sprachraum im Vordergrund stehen. Hervorzuheben ist der Bestand an spätbarocken Ölskizzen, wovon eine Auswahl gezeigt wird.

Den Abschluss markiert die dekorative, erzählfreudige Genremalerei  österreichischer Hauptmeister des Spätbarock wie Johann Georg Platzer und Franz Christoph Janneck. Besonders bemerkenswert ist der große Werkkomplex von Martin Johann Schmidt, gen. "Kremser Schmidt". Mit ihm endet die lange, fruchtbare Barocktradition Mitteleuropas, erste Anzeichen des Klassizismus werden spürbar. Die Vielfalt der Tendenzen im späten 18. Jahrhundert belegen Porträts einger Zeitgenossen Schmidts: Angelika Kauffmann, international gefeierter Malerstar der Goethezeit in England und Rom, sowie die Ausnahmeerscheinung Johann Georg Edlinger, ein später Nachfolger Rembrandts in Süddeutschland.